Pod koniec 1998 roku zaprezentowano drugą generacje modelu Grand Cherokee. Nowe nadwozie było dłuższe o 12 cm, przy zachowaniu tego samego rozstawu osi. Forma nadwozia stała się bardziej obła, a wnętrze i przestrzeń bagażowa zostały powiększone.

Podstawowy silnik o pojemności skokowej 4,0 dm3 został zmodyfikowany w celu zwiększenia osiągów. Drugi silnik benzynowy był nową jednostką w układzie V8 i miał pojemność 4,7 dm3 (zastąpił starszy o pojemności 5,2 dm3). Również nowym był turbodoładowany silnik Diesla o pojemności 3,1 dm3. Miał pięć cylindrów i pochodził z włoskiej wytwórni VM. Silnik ten stosowano w samochodach przeznaczonych na europejskie rynki. Wszystkie silniki współpracowały z automatycznymi skrzyniami przekładniowymi. Nadal stosowano trzy różne systemy przeniesienia napędu na obie osie.

W 2002 roku przeprowadzono modernizację pojazdów tej rodziny. Niewielkim zmianom poddano przedni zderzak i wlot powietrza. Większe zmiany nastąpiły w gamie silników. Benzynowy silnik o pojemności 4,7 dm3 został nieco wzmocniony, a ponadto wprowadzono wersję H.O. (High Output) o wyraźnie większej mocy. Kolejną zmianą było zastąpienie silnika VM nową jednostką o pojemności 2,7 dm3, pochodzącą z gamy Mercedesa-Benz.

Zakończenie produkcji samochodów drugiej generacji nastąpiło w 2004 roku.